Летопись войн в школе Мурё

Семнадцатилетний Шиничи Кудо, известный среди сверстников как "современный Шерлок", обладает развитыми дедуктивными способностями. После встречи с девушкой он становится случайным свидетелем деятельности преступной группы. Члены организации замечают подростка, захватывают его и принудительно дают ему принять неизвестное лекарство, после чего Шиничи теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Чтобы скрыться от преследующих его преступников, он обращается за помощью к своей подруге детства Ран Мори. Шиничи селится в её доме и представляется новым именем — Конан Эдогава.

Он знакомится с отцом Ран, Когоро Мори, который руководит частным детективным агентством. Сохранив свои интеллектуальные способности, Конан начинает тайно помогать в расследовании различных дел. Параллельно он ищет информацию об организации, которая его преследует, и пытается найти способ вернуть своё прежнее тело.